1. Petua: Hujung pen cat air biasanya bulat, manakala hujung pen penanda rata, yang dibahagikan kepada hujung jenis gentian dan hujung jenis buih.
2. Dakwat: Penanda adalah berasaskan air, berasaskan minyak dan berasaskan alkohol, manakala pen cat air hanya mempunyai satu jenis berasaskan air.
3. Mewarna: Pen cat air tidak boleh menyusun warna, tetapi penanda boleh menyusun warna. Penanda lebih mudah diwarnakan daripada pen cat air.
4. Penggunaan: Kelebihan pen cat air ialah ia mempunyai air yang mencukupi, warnanya kaya dan cerah, dan kelemahannya ialah air tidak sekata, peralihan tidak semula jadi, dan kedua-dua warna tidak mudah untuk didamaikan bersama, jadi ia biasanya sesuai untuk lukisan kanak-kanak, dan juga boleh digunakan sebagai penanda.
Kelebihan penanda ialah airnya seragam, dan kelemahannya ialah kontras warna lebih lemah, tetapi kedua-duanya boleh diselaraskan dengan baik bersama-sama, dan boleh melukis rendering seni bina dan reka bentuk industri.
